原料植物、乳制品和肉類的發(fā)酵是一個(gè)動(dòng)態(tài)過(guò)程，可以通過(guò)控制潛在有害細(xì)菌、提高感官特性和健康促進(jìn)特性來(lái)提升食品的質(zhì)量。但傳統(tǒng)的分離培養(yǎng)方法無(wú)法滿足人們探索食物微生物群，表征食品相關(guān)微生物群體以改進(jìn)食品和了解其對(duì)人類健康的影響的重要性日益受到重視，但許多這種多樣性仍未被探索。利用體外培養(yǎng)方法與群體水平的分子分型相結(jié)合（最初使用16S rRNA基因測(cè)序，目前也包括宏基因組學(xué)）是全面探索食物微生物群組成和挖掘其基因組潛力的方法。
2024年8月29日，意大利特倫托大學(xué)等機(jī)構(gòu)的研究人員在國(guó)際頂尖學(xué)術(shù)期刊 Cell 上發(fā)表了題為：Unexplored microbial diversity from 2,500 food metagenomes and links with the human microbiome 的研究論文。這項(xiàng)研究通過(guò)對(duì)50個(gè)國(guó)家的2533種不同食物進(jìn)行宏基因組測(cè)序，其中65%是乳制品來(lái)源，17%是發(fā)酵飲料，5%是發(fā)酵肉類。創(chuàng)建了“食物微生物組”（cFMD）數(shù)據(jù)庫(kù)，發(fā)現(xiàn)了10899種與食物相關(guān)的微生物，這些微生物分為1036種細(xì)菌和108種真菌，其中一半是未知物種。此外，進(jìn)一步探究這些微生物與人類的關(guān)系發(fā)現(xiàn)，這些食物相關(guān)的微生物平均占據(jù)了成年人腸道微生物組的約3%，兒童的約8%，而新生兒的則高達(dá)56%。
在食物和人類微生物組中普遍存在SGBs重疊
其他要點(diǎn)：
① 該研究該指出相似的食物往往含有相似的微生物類型；
② 一些微生物存在并在甚至完全不同的食物中發(fā)揮相似功能；
③ 每個(gè)“本地”設(shè)施或農(nóng)場(chǎng)的食物都有獨(dú)特的特征，形成區(qū)域特色。
局限性：盡管目前了解到食物微生物在人體微生物組中進(jìn)行傳播，但目前無(wú)法精確估計(jì)時(shí)間，并且受到人際傳播的干擾。即使是方向性也只能通過(guò)背景來(lái)推測(cè)，是否存在劑量依賴性效應(yīng)仍然是一個(gè)懸而未決的問(wèn)題。此外，檢測(cè)到的食物微生物是否真正是腸道微生物群的定殖者，還是僅僅是暫時(shí)存在的，還需要進(jìn)一步研究。可能需要設(shè)計(jì)干預(yù)試驗(yàn)，將特定發(fā)酵食品補(bǔ)充給志愿者，同時(shí)對(duì)食品和糞便樣本（前期、期間和后期）進(jìn)行菌株水平分析，以調(diào)查傳輸事件及菌株的穩(wěn)定性和生存性。由于從DNA提取中的潛在偏差到更具挑戰(zhàn)性的MAG重建，真核基因組的宏基因組特征仍然未得到充分重視，而所采用的方法可以成為標(biāo)準(zhǔn)化這些分析的一個(gè)步驟。
全文鏈接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00833-X
來(lái)源：微生物安全與健康網(wǎng)，作者~楊玲雙
